Ce document officiel qui garantit que des inspections ont été menées au niveau de la production sur les végétaux concernés qui permettent de vérifier que les organismes nuisibles de quarantaine listés dans la directive européenne 2000-29-CE ne sont pas présents sur le végétal. Cette directive liste l'ensemble des parasites qui ne doivent pas être introduits, ni circuler sur le territoire européen. Le passeport est délivré suite aux inspections officielles menées dans les pépinières productrices de végétaux concernés. Il prend la forme d'une étiquette autocollante ou d'un logo préimprimé sur les documents accompagnant les végétaux dans leur circulation dans l'Union européenne. Le Service régional de l'alimentation délivre le passeport phytosanitaire européen, mais il est également délivré par des organismes délégataires que sont le Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes pour les plants de fruitiers certifiés ; FranceAgriMer pour les plants de vigne certifiés ; ou le GnisSoc (Groupement national interprofessionnel pour les semences et plants et le Service officiel de contrôle et de certification) pour les plants de légumes et semences soumises à passeport phytosanitaire. Ces organismes étant sous le contrôle du Service régional de l'alimentation.