II - Quantification de la présence d'OGM par PCR quantitative
Pour déterminer le pourcentage de soja génétiquement modifié dans un lot de fèves, on utilise la technique de PCR quantitative en temps réel. L'analyse repose sur une double amplification. L'amplification d'un gène spécifique de l'espèce soja (gène codant la lectine) permet d'évaluer la quantité d'ADN total présent dans l'échantillon. L'amplification d'une partie du transgène (promoteur CaMV 35S) permet d'évaluer la quantité d'ADN correspondant à la présence d'OGM. La réglementation française impose l'obligation d'étiquetage des OGM ou des produits dérivés d'OGM dès lors que le pourcentage d'OGM est supérieur à 1%.
Pour limiter les biais de l'analyse, les deux amplifications sont réalisées au cours d'une même réaction de PCR (PCR duplex).
En même temps que les échantillons inconnus que l'on cherche à caractériser, on analyse une série d'échantillons connus qui contiennent 1% d'OGM, ce qui permet d'établir une courbe d'étalonnage. L'analyse de cette courbe d'étalonnage a donné les résultats suivants :
Question
1 - Tracez séparément les deux droites d'étalonnage en exprimant le Ct (affiché en ordonnée) en fonction du logarithme de la quantité d'ADN (affiché en abscisse). Déterminez les pentes de chaque droite puis calculez l'efficacité de chaque PCR selon la formule :
Ces efficacités de PCR sont-elles satisfaisantes pour analyser valablement le pourcentage de soja transgénique contenu dans un lot ?
Lectine: pente = -3,53 ; efficacité = 92 %
Promoteur 35S: pente = -3,36 ; efficacité = 98 %
Efficacité un peu faible pour la lectine.
Question
L'analyse de deux échantillons de soja a donné les résultats suivants :
Valeurs de Ct mesurées pour l'amplification de la lectine : 20,60 (éch. 1) et 23,87 (éch. 2)
Valeurs de Ct mesurées pour l'amplification de l'OGM : 26,36 (éch. 1) et 26,33 (éch. 2)
2 - A l'aide des droites d'étalonnage ou de leurs équations, calculez le pourcentage de soja transgénique contenu dans ces 2 échantillons de soja. Les produits correspondants doivent-ils être étiquetés ?
Échantillon 1 : lectine = 180000 pg ; promoteur 35S = 1880 pg (1,04 %)
Échantillon 2 : lectine = 21300 pg ; promoteur 35S = 1921 pg (9%)
Les deux lots de fèves doivent être étiquetés (seuil de 1% dépassé).
