Le dispositif d'analyse officiel comprend deux niveaux : un réseau de laboratoires agréés et des laboratoires nationaux de référence. Les laboratoires agréés sont choisis par le ministère de l'Agriculture et, plus particulièrement, la DGAL (Direction générale de l'alimentation), pour réaliser des analyses officielles de routine sur des organismes nuisibles réglementés qui peuvent être des virus, des viroïdes, des phytoplasmes, des bactéries, des champignons, des nématodes, mais aussi des insectes et des acariens. Ces organismes peuvent être de quarantaine ou réglementés. Un laboratoire national de référence va d'abord travailler et proposer des méthodes d'analyses pour les laboratoires agréés. Ensuite, sa mission consiste à suivre le réseau de laboratoires agréés selon ses mandats de référence. Ils vont, dans ce cadre, réaliser des formations sur les méthodes d'analyse qui seront proposées, mais également réaliser des EILA (essais interlaboratoires d'aptitude) pour vérifier l'aptitude des laboratoires à réaliser des analyses officielles, leur apporter des conseils et un appui. Enfin, les laboratoires de référence ont la charge de confirmer les analyses positives ou douteuses. L'Unité de quarantaine de Lempdes a plusieurs mandats de référence. Le plus ancien porte sur le PPV (Plum pox virus), virus de la maladie de la sharka, mais également sur tous les virus réglementés de la pomme de terre et ceux des agrumes, sauf le CTV (Citrus tristeza virus), c'est-à-dire le virus de la maladie de la tristeza qui, elle, concerne l'unité de La Réunion. Une méthode officielle d'analyse (MOA) est publiée par le ministère de l'Agriculture et plus particulièrement par la DGAL qui doit être utilisée par les laboratoires agréés dans le cadre d'analyses officielles. Pour élaborer une MOA, trois grandes étapes sont nécessaires. La première étape est une veille bibliographique ; la deuxième, une évaluation de la méthode ; et la troisième, une validation de la méthode par la DGAL. La veille bibliographique s'effectue d'abord par une recherche des publications qui décrivent des méthodes de détection du parasite sur lequel on souhaite travailler. Ensuite, on retient un certain nombre de publications selon des critères prédéfinis. Puis, on choisit les méthodes sur lesquelles on va travailler et réaliser des tests. L'évaluation et la validation d'une méthode officielle sont décrites dans un document édité en octobre 2010 par la DGAL et co-élaboré par le Laboratoire de la santé des végétaux. L'évaluation est la caractérisation de la méthode selon une série de critères. Selon, d'abord, des critères de performance que sont la sensibilité, la spécificité, l'exactitude, la reproductibilité et la répétabilité. Puis, des tests, notamment des ring-tests, vont être réalisés pour tester la méthode. Il existe aussi d'autres critères, plus généraux mais tout aussi importants, que sont le coût, les compétences et le matériel nécessaires pour mettre en œuvre cette méthode : c'est ce que l'on appelle la délégabilité. La dernière étape de la mise au point d'une méthode est la validation, à savoir la reconnaissance, par la DGAL, d'une méthode à satisfaire un usage. Plusieurs usages sont possibles : il peut s'agir d'un usage dans le cadre d'une analyse à réaliser pour l'import, pour la quarantaine végétale concentrée ou pour la gestion d'un foyer de parasites. L'ensemble des MOA sont consultables sur le site de l'Anses (Agence nationale de la sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail), https://www.anses.fr. En santé végétale, à l'heure actuelle, il en existe au total soixante-cinq : cinq méthodes officielles générales qui décrivent des techniques et soixante méthodes spécifiques qui permettent de détecter un organisme nuisible ou un groupe d'organismes nuisibles. Une MOA peut contenir une ou plusieurs techniques pour un même organisme nuisible. Toutes les MOA peuvent être révisées. Les révisions peuvent porter sur le fond et sur la forme, elles n'ont pas de fréquence prédéterminée et se font en fonction de l'évolution des connaissances scientifiques, du matériel d'analyse et selon les avancées technologiques. La veille scientifique est assurée en permanence par les laboratoires nationaux de référence. Cette veille est bibliographie, mais porte aussi sur les participations à des colloques et des congrès et sur tous les échanges avec les partenaires scientifiques.