News de 2022, nous sommes maintenant Institut Agro Montpellier

Par mail le 07/01/2022, notre Directrice Prof. Carole Sinfort nous adressait ses vœux:

« L’actualité est riche avec d’une part la crise sanitaire et d’autre part le démarrage de l’Institut Agro à 3 écoles ; nous attendons également le retour du jury international qui va valider la suite de MUSE (la construction d’une Université de Montpellier englobant tous les instituts de la recherche et dont nous sommes partenaire associé).

Concernant la crise sanitaire, les contaminations se multiplient à grande vitesse et nous avons dû prendre en urgence des mesures de protection en basculant de nombreux enseignements en distanciel à partir de lundi. Notre préoccupation est de privilégier la santé de toutes et tous et de protéger les personnes à risque. Je compte vraiment sur votre responsabilité et votre engagement pour respecter les consignes, je suis bien consciente des contraintes que cela apporte mais la protection de tous est vraiment prioritaire.

Comme je vous l’ai communiqué lors des vacances, la création de l’Institut Agro est officialisée (le décret a été publié le 23 décembre). Le lancement de la nouvelle identité visuelle en externe est programmée le 12 janvier et vous avez reçu hier un message de Ghyslaine Besançon concernant la mise à disposition du nouveau logo et du kit de communication (disponibles sur intranet). Tous nos supports de communication vont être actualisés (dont site web) et nous sommes en train d’organiser nos actions lors du salon de l’agriculture : n’hésitez pas à nous faire savoir si vous souhaitez utiliser cette plateforme très visible pour la mise en valeur de vos actions.
Notre organisation se restructure avec l’arrivé de Dijon et de nouveaux projets vont naître très prochainement qui vont mettre en lumière la plus-value de notre Institut pour toutes et tous. Le projet stratégique de l’Institut Agro a été validé au CA de Novembre, nous sommes en train d’organiser le travail pour définir un plan d’action autour des 5 axes stratégiques que j’ai présentés lors de l’Assemblée Générale du 26 novembre (diapos sur l’intranet) et qui ont été repris lors des rendez-vous de l’IA du 16 décembre. Nous souhaitons vraiment construire une stratégie collective je vous engage donc à faire remonter vos envies, idées, réflexions. Une assemblé générale est d’ores et déjà prévue avec les étudiant.e.s le 13 janvier prochain.

2022 restera une date importante dans notre histoire et je suis sûre qu’elle verra naître de nombreuses opportunités et collaborations élargies. J’espère que toutes et tous vous bénéficierez de ces nouveaux projets et que vous profiterez dans le cadre de l’école et de l’institut d’une ambiance de travail riche et basée sur le collectif qui vous apportera de nombreuses satisfactions (et de réussite pour les étudiant.e.s).

Je ne saurais terminer sans vous souhaiter également une très bonne année pour vous et vos proches dans votre vie privée, qu’elle vous apporte la santé et de nombreux moments de bonheur. »

La rentrée 2021 se prépare…

L’équipe pédagogique travaille à la rentrée de septembre 2021:
– Voyage d’immersion: de l’inscription à l’amélioration en passant par la multiplication et la lutte biologique
Tout un programme de découvertes !
– Nouveau livret pédagogique qui indiquera les compétences à acquérir pour chaque ECUE

Fabien Cormier: profession chercheur Cirad

photo-fabien-cormierSuite à ma césure en lien avec la génétique de la banane, j’ai intégré le cheptel d’APIMET 2010/2011.

Ensuite, tout (ou presque) a été une question d’opportunité/hasard.

J’ai fait mon stage de fin d’étude à Verneuil l’étang, charmante banlieue parisienne remplie de champs tous plats et de poteaux électriques. Logé dans la station expérimentale de Limagrain (il y a une coloc de stagiaire sur place : la « chambrée » au confort sommaire mais rigolade, jardinage, et barbec), j’ai fait de la génétique d’association sur le blé (et des balades dans les programmes de sélection). A la fin de mon stage, on m’a présenté à Biogemma (la filiale biotech/recherche amont de Limagrain) et on s’est dit qu’on allait monter une thèse CIFRE ensemble. Je n’avais jamais vraiment voulu faire une thèse avant. Mais les gens avaient l’air sympa, je pouvais participer à la définition du sujet, et puis c’était un peu comme un CDD de 3 ans. Restait à savoir quand elle démarrerait ?

Mon diplôme de petit APIMET en poche, j’ai continué en CDD à Verneuil pour quelques mois. Puis j’ai squatté la chambre sans fenêtre de la colocation d’une pote, à Bordeaux, histoire de patienter avant le début de mon thèse à Clermont-Ferrand. Glandouille, réflexion sur mon avenir et recherche de petit boulot. Puis un jour, un Limagrain de Clermont (qui avait assisté à ma soutenance d’Apimet) m’appelle et me dit qu’il a un CDD pour moi. Et qu’on s’arrangera pour qu’il dure jusqu’on à ce qu’on ait l’accord de l’ANRT pour que ma thèse démarre chez Biogemma (localisé dans le couloir d’à côté). Bingo parfait !

Leboncoin, Skype, me voilà installé à Clermont-ferrand. Le CDD se termine et j’enchaine sur la thèse : génétique quantitative sur l’efficience d’utilisation de l’azote chez le blé, CIFRE Biogemma / INRA. Pendant 3 ans à Biogemma, j’ai pu mener les recherches dans le sens que je voulais, dans une petite équipe très sympa, encadrement idéal (pas sur mon dos mais toujours dispo). Analyse phéno, GWAS, GS, R, R, R… J’étais le seul thésard et on m’a chouchouté : 6 mois au CIMMYT à Mexico, 2 fois en Californie pour le PAG, … Je me suis bien demandé à des moments quels était l’intérêt de faire cette thèse, si je voulais vraiment faire de la recherche, senti un peu seul, …blablabla snif snif mais franchement c’était le TOP (et Clermont c’est chouette en vrai). Tellement, que j’ai soutenu, pris 3 mois de vacances, et j’ai continué en CDD chez les blés de Biogemma. J’ai continué à faire du développement de méthodo de génétique quantitative  et de l’automatisation d’analyse pour mes collègues (R power).

Puis lors d’un moment d’errance sur le net, je tombe sur un poste de chercheur au CIRAD : génétique quantitative racines et tubercules pour le Vanuatu. Les compétences étaient similaires à celle acquise en thèse, et j’avais fait une partie de ma césure au Vanuatu pour le CIRAD (cf première phrase). J’avais pas une expérience de 15 post-doc et pas comme plan d’aller dans le publique (pas trop de plan tout court en fait) mais là ça me tentait bien… Je postule et bouga !!! …. Me voici maintenant de retour à Montpellier après avoir pu finir mon CDD à Clermont. Pour l’instant, je découvre les activités d’un chercheur dans le « public » (comment on trouve de l’argent ?!) et celles des gens autour de moi, je planifie mes futures activités / projets … Ici aussi, j’aurais une grande part de liberté et ça me va. Pas de Vanuatu au final pour la première expatriation, mais les opportunités et le hasard feront ce qu’il faut !

Laura SANCHEZ (Promo 2010-2011) : Du maïs dans vos cornflakes !

« Après mon année de spécialité APIMET, j’ai décidé de faire un stage au sein d’une entreprise privée, puisque je ne souhaitais pas poursuivre en thèse. Je me suis orientée vers l’équipe des ressources génétiques de Limagrain où j’ai choisi de travailler sur la diversité des populations de pays de maïs : comment sont-elles structurées, et comment les intégrer dans les schémas de sélection actuels.

Laura Sanchez

Le stage s’est ensuite prolongé par un CDD de 4 mois me permettant de finaliser mon projet et de délivrer un rapport utilisable pour les sélectionneurs. Au cours de ce contrat, j’ai donc eu l’opportunité de travailler au sein d’une équipe de sélection, ce qui m’a permis d’interagir avec de nombreuses équipes : Bio statistiques (QTL, association…), Laboratoire de marquage et différentes équipes de sélection européennes. A l’issue de mon CDD, l’équipe RH m’a orienté sur un poste d’assistant sélectionneur maïs.

Le programme de sélection dont je m’occupe a pour particularité d’améliorer l’aptitude à la transformation industrielle du maïs, c’est-à-dire d’accroitre la qualité technologique du grain contrairement aux programmes plus classiques, qui se concentrent sur une amélioration de l’index rendement/humidité. Ce programme vous permettra peut-être un jour de manger des cornflakes 100% européens (et non fabriqués à base de maïs en provenance d’Amérique latine) !

Pour les adeptes de l’apéro, je suis sûre qu’avec un petit verre vous appréciez aussi les chips triangulaires à tremper dans le guacamole qui devinez quoi, sont à base de maïs…

De plus chaque année je dois faire un grand « sacrifice » : aller récolter ma pépinière au Mexique ou au Pérou !!!

La formation APIMET nous donne des bases très solides en génétique et statistiques, indispensables dans les métiers de la sélection. On y apprend aussi à travailler en équipe et à s’organiser pour mener à bien différents projets. Les débouchés sont variés et intéressants, vous ne regretterez pas d’avoir choisi cette spé ! »

 

Yan Holtz promo 2011-2012

« Un peu perdu lors de mon passage en dernier année, APIMET m’a permis de développer un goût et des compétences en génétique et en programmation qui ne m’ont pas quittées depuis. Par chance, ces thématiques sont en vogue à l’heure actuelle et très porteuses en terme d’emploi.

Du coup, je travaille maintenant en temps qu’ingénieur de recherche pour l’INRA. La plupart de mon temps est passé à réaliser des analyses bio-informatiques : je reçois des séquences d’ADN sortant d’un séquenceur et en extrait toute l’information nécessaire : détection de polymorphisme, analyse de l’expression des gènes, estimation de leur positionnement etc… J’utilise ensuite les informations récoltées pour répondre à mon principal sujet d’étude : le déterminisme génétique de la résistance du blé dur au virus de la Mosaïque. Sujet qui me paraît capital car il devrait permettre de sauver ma principale source d’alimentation et celle de beaucoup d’autres (étudiants ?) : les pâtes !

Mon métier m’amène à interagir avec de nombreux autres scientifiques et sélectionneurs, ainsi qu’à participer à des conférences internationales. La stimulation intellectuelle est permanente et je ne m’ennuie jamais. Ajoutez à cela une dimension de gestion de projet, des visites d’essais aux champs, des formations à donner aux professionnels et étudiants, et vous obtenez un métier passionnant !  »

Ingrid Vilmus APIMET promo 2008-2009

 Ingrid Vilmus_15
« Après mon année de spécialisation en APIMET, j’ai choisi de poursuivre mes études par un doctorat en amélioration des plantes financé par une bourse CIFRE Syngenta. Encadrée par Pierre Roumet et Jacques David, j’ai eu l’opportunité de travailler sur le blé dur en étudiant le déterminisme génétique de la remobilisation d’azote des parties végétatives vers le grain au cours de la senescence. Tout cela ayant pour objectif de mieux comprendre pourquoi qualité et rendement sont majoritairement négativement corrélé chez le blé. Pour observer in vivo la remobilisation d’azote dans les feuilles, nous avons utilisé un appareil qui s’appelle un spectromètre qui permet de prédire notamment la teneur en azote dans des tissus vivants. 
Ce type d’appareil est de plus en plus utilisé dans le cadre du phénotypage dit à « haut débit » qui comprend également les images prises par avion, drone, équipés de caméras hyperspectrales. Il s’agit d’un secteur effervescent qui peut plaire à des APIMET qui ont un goût pour les nouvelles technologies et le terrain. De nombreuses entreprises/start up se développant pour répondre non seulement aux besoins de la recherche, mais également à un besoin d’agriculture de précision.
Grâce à des mesures journalières sur les plantes, j’ai pu identifier des courbes génotypiques d’évolution de l’azote dans les feuilles et étudier le déterminisme génétique des paramètres clés de ces courbes. Ainsi le début de la « vidange » en azote des feuilles apparait comme un critère important influant sur le rendement car il permet de maintenir plus ou moins longtemps l’intégrité photosynthétique de la feuille. En choisissant de manière optimale la valeur de ce paramètre en lien avec un réservoir important d’azote à la floraison (mesuré à travers la surface foliaire, sa masse surfacique et sa teneur en azote à floraison),  il est possible de définir un idéotype produisant des grains riches en protéines (gage de qualité) et avec un bon rendement.
J’ai présenté ces travaux lors de ma soutenance de thèse en octobre 2013.
J’ai ensuite choisi de poursuivre dans le monde de la recherche en contrat de post-doctorat au CIRAD. Je travaille donc actuellement sur un panel de variétés de sorgho afin de réaliser des analyses en génétique d’association. Les caractères que nous étudions sont liés à la production de biomasse car je suis sur un projet qui cherche à valoriser la biomasse pour différents objectifs : alimentation animale, biocarburants et production de biocomposites. 
Au quotidien, je fais de la bioinformatique, des statistiques, la lecture d’articles scientifiques et un peu de terrrain.
APIMET est une spécialité ingénieur qui permet d’acquérir des compétences en amélioration des plantes et offre de nombreuses débouchées dont la thèse fait partie. L’industrie semencière est un secteur qui recrute au niveau ingénieur notamment pour les postes de sélectionneur, mais également au niveau doctorat pour des postes tels que « molecular breeder », moins orienté terrain et plus statistiques/labo. De plus, la bioinformatique étant également en plein essor, de nombreux postes sont aujourd’hui proposé dans le public, mais également dans le privé.
Si vous aimez la programmation, les statistiques, les plantes et la génétique, cette spécialisation est faite pour vous ! « 

Aude Coupel-Ledru APIMET promo 2011-2012

Aude Coupel Ledru_15« Comprendre comment les plantes interagissent avec l’environnement, s’adaptent aux contraintes climatiques (sécheresse, température, etc.) : c’est une problématique qui me passionne depuis des années. Pendant le tronc commun de SupAgro, mon projet s’est clarifié petit à petit : je voulais faire de l’écophysiologie et m’orienter vers la recherche. J’ai opté pour APIMET en faisant le pari que la génétique apporterait une plus-value à mes aspirations d’écophysiologiste. C’est effectivement un choix que je n’ai pas regretté, loin s’en faut. La génétique apporte un éclairage et des outils précieux pour explorer la diversité existante, les stratégies d’adaptation et d’évolution des plantes.

Forte de cette double vision et de nouvelles compétences, j’ai obtenu une bourse en passant le concours de l’école doctorale SIBAGHE pour commencer une thèse au sein de l’UMR LEPSE à l’INRA de Montpellier. J’ai travaillé pendant ces trois ans sur les bases physiologiques et génétiques de l’adaptation de la vigne à la sécheresse. J’ai combiné des outils de pointe en phénotypage (plateforme automatisée, imagerie pour suivre la croissance de milliers de plantes, gestion précise de l’irrigation…), des approches de génétique quantitative (détection de QTLs pour identifier les régions du génome contrôlant les caractères d’intérêt), et des expériences physiologiques sur de plus petits effectifs de plantes. Mon plus grand plaisir pendant ma thèse? Gérer mon projet de bout en bout, depuis la formulation des hypothèses, la construction des protocoles, à la décortication des résultats et l’interprétation des données en passant par les heures passionnantes à mesurer et observer les plantes, en serre comme au champ. J’ai aussi eu la chance de passer 4 mois de ma thèse en Australie et de présenter mon travail dans de nombreuses conférences internationales. J’apprécie réellement de me positionner à l’interface de plusieurs disciplines, d’interagir avec des acteurs variés et internationaux. Je suis sur le point de soutenir ma thèse. J’aspire à poursuivre dans la recherche académique en renforçant dans un premier temps mon expérience de chercheur junior à l’étranger, et pour la suite, pourquoi pas un poste de chercheur ou d’enseignant-chercheur à l’INRA ? «