Southern blot et Northern blot
Dans ces deux types d'expériences, on cherche à repérer soit dans le génome soit dans les ARNm d'une cellule un fragment particulier, par exemple un gène donné. Pour cela, on utilise une sonde marquée d'ADN dont la séquence est complémentaire du fragment recherché. Le « repérage » se fait par hybridation entre la sonde marquée et le fragment d'ADN ou d'ARNm correspondant. Le marquage de la sonde avec un radioélément ou un fluorochrome permet de visualiser et de quantifier l'hybridation.
Southern blot
On débute l'expérience par une extraction de génome total (comme vous l'avez réalisé en TP extraction), on fait subir une restriction à cet ADN total par une enzyme de restriction (étape 1 du schéma).
Les fragments de restriction sont séparés par électrophorèse sur gel d'agarose (étapes 2 et 3). Suivant la taille du génome total extrait on peut obtenir jusqu'à 106 fragments, on verra sur le gel non pas des fragments séparés mais une trainée d'ADN due aux fragments de taille très proche les uns des autres.
Ensuite après dénaturation des ADN par la soude (étape 4), l'empreinte du gel est réalisée par transfert et fixation des fragments d'ADN sur une membrane de nylon (étape 5).
Cette membrane est ensuite hybridée avec une sonde marquée (étape 6). L'hybridation est réalisée en milieu liquide sous agitation, cette opération est suivie de lavages pour éliminer les sondes non appariées (étape 7).
C'est la trace de la sonde sur un film d'autoradiographie qui est mesurée (étape 8). Les fragments hybridés avec la sonde apparaissent sur l'autoradiographie.
Cette technique permet de repérer un fragment d'ADN particulier dans un génome.
Northern blot
Cette technique permet le repérage d'un type de molécule d'ARN dans une population.
Utilisation : Pour repérer l'expression d'un gène dans un tissu, dans des conditions particulières de l'environnement... Penser à normaliser avec un gène de ménage.
