Observation des symptômes
L'observation de symptômes, souvent mais pas exclusivement foliaires, associés à la présence d'un organisme pathogène peut constituer une première étape dans le processus de diagnostic. Cependant, l'observation des symptômes ne peut pas être considérée comme étant, en soit, une technique de diagnostic. En effet, plusieurs agents pathogènes peuvent être responsables de symptômes très similaires.
De plus, certaines infections peuvent rester asymptomatiques pendant plusieurs semaines ou plusieurs mois. Enfin, les échanges commerciaux peuvent se faire préférentiellement quand les plants sont en dormance hivernale et dans ce cas, l'observation visuelle est impossible (absence de feuilles).
Complément : Postulat de Koch
Le postulat de Koch (de Robert Koch) précise les étapes successives devant être réalisées et satisfaites pour établir une relation causale entre une maladie et un microorganisme. Énoncé en 1881 pour les maladies infectieuses de l'homme, ce postulat a été transposé aux maladies des végétaux causées par des agents pathogènes cultivables in vitro (certaines bactéries et champignons). Les étapes sont les suivantes :
1. L'agent doit être présent chez les plantes malades et absent chez les plantes saines,
2. L'agent doit pouvoir être isolé de plantes malades et multiplié en culture axénique[1]
3. Lorsque l'agent pathogène en culture pure est inoculé à une plante saine, il induit des symptômes caractéristiques de maladie
4. L'agent pathogène initial doit pouvoir être ré-isolé à partir des plantes infectées expérimentalement
Dans le cas des maladies causées par des agents pathogènes non ou difficilement cultivables (virus, viroïdes, phytoplasmes et certaines espèces bactériennes et de champignons), le postulat de Koch tel qu'énoncé ne peut pas être appliqué. Une adaptation est possible et consiste à remplacer la multiplication en culture axénique par un isolement de l'agent pathogène, sa multiplication dans un hôte approprié avant sa purification et son identification. L'agent purifié doit pouvoir reproduire les symptômes de maladie lorsqu'il est inoculé à une plante saine. La mise en application de ce postulat modifié demeure seulement inapplicable aux agents pathogènes non directement inoculables sans vecteur (virus restreints au phloème, phytoplasmes).
Le postulat de Koch fait ainsi appel à un ensemble de techniques d'observation, d'isolement, de production d'inoculum en culture pure et d'inoculation à des plantes hôtes. Dans la pratique, le diagnostic de beaucoup de maladies classiques n'exige pas la réalisation complète du postulat de Koch, d'autant plus lorsqu'il s'agit de détecter en routine des agents pathogènes bien caractérisés. Dans ce cas, le diagnostic est essentiellement basé sur des méthodes sérologiques et/ou moléculaires.
