Les champignons saprophytes, bien qu'ils ne représentent qu'une mince fraction de la biomasse du sol, sont les premiers dégradeurs de la matière organique avec les bactéries. En se nourrissant de matière végétale et animale en décomposition, ils participent à l'équilibre biologique des sols où ils transforment la matière organique en matière minérale, renouvelant ainsi l'humus.

Ces champignons jouent donc un rôle essentiel de décomposeurs, mais ils sont également une source importante d'alimentation pour certains autres organismes du sol et peuvent être associés à d'autres fonctions biologiques, notamment en s'associant au système racinaire des plantes (mycorhizes, voir section suivante : symbiose).

Les vastes réseaux formés par leurs hyphes jouent également un rôle fondamental dans le maintien de la microstructure des sols et notamment dans la stabilité des agrégats, la circulation et la mise à disposition de nombreux éléments minéraux ou organiques (hormones, antibiotiques etc...).

Hyphes fongiques reliant deux agrégats de sol séparés par un espace représentant la porosité du sol - K. Ritz ; European atlas of soil biodiversity | ^[1]

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Auteurs : Thomas Wibaux

Supervisions et corrections : J-F Vian, Joséphine Peigné, Eric Blanchart

Corrections : Catherine Mazzoni