L'extraction et l'identification des champignons du sol peut se faire à l'aide de différentes techniques, selon le type de champignon recherché (saprophyte, parasite etc...). On distingue particulièrement les techniques d'isolements de types directes et indirectes :
Techniques directes :
Le développement de colonies se fait directement sur un substrat nutritif plus ou moins sélectif (boîtes de pétri). Ces techniques permettent donc d'isoler les principaux groupes de champignons selon la sélectivité du milieu, les conditions d'incubation et le degré de fractionnement de l'échantillon de sol. Pour une mesure quantifiée il sera nécessaire de choisir une méthode plus sélective.
Deux méthodes directes sont les plus communes : les suspensions-dilutions (sol mis en suspension dans de l'eau stérile à différentes dilutions et ensemencé sur des milieux d'isolement) et l'incorporation directe du sol (incorporation directe du sol séché et homogénéisé sur des support sélectifs mis en incubation).
Il est également possible d'effectuer des isolements sur supports sélectifs directement dans le sol, en immergeant le substrat fixé à un support (boîte de pétri) directement dans le sol.
Techniques indirectes :
Le champignon est piégé dans le sol à l'aide de substrats vivants ou inertes, puis isolé à partir de ces substrats lorsque le développement le permet. Différents pièges, plus ou moins sélectifs peuvent être utilisés :
Les pièges inertes : Un morceau de papier imbibé d'un milieu sélectif, une buchette de bois... Très peu sélectif et colonisable par les pathogènes, d'où une utilisation limitée à la phytopathologie.
Les plantes entières : avec une très forte sélectivité pour certaines associations mycorhiziennes ou certains parasites spécifiques. L'isolation se fait ensuite par retrait du végétal et isolement des colonies fongiques présentes sur ses tissus ou au sein de sa rhizosphère.
Les fragments de plantes vivantes : N'importe quel fragment d'organe végétale peut être utilisé par enfouillissement direct, avec plus ou moins de sélectivité. Le fragment est récolté après une période maîtrisée d'incubation, et les colonies sont identifiées sur milieu sélectif.
Remarque :
L'identification des espèces fongiques, une fois isolées, peut être effectuée par ségrégation sur milieu sélectif (identification des familles selon les caractéristiques du milieu nutritif), ou bien par extraction de l'ADN, le plus souvent à l'aide de la technique d'amplification de l'ADN ribosomique 18S, menant à une identification génétique de l'espèce.
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Auteurs : Thomas Wibaux
Supervisions et corrections : J-F Vian, Joséphine Peigné, Eric Blanchart
Corrections : Catherine Mazzoni