Les opérations culturales jouent un très grand rôle dans la diffusion des souches fongiques, ainsi que dans la variabilité des facteurs du milieu, qui influencent directement la diversité et la capacité de développement des différentes espèces de champignons, favorables ou non à l'agriculture.
Labour
Le labour déstructure le sol et ainsi brise les réseaux d'hyphes fongiques. De plus, il vise à diminuer les populations d'adventices et entraîne une baisse de la diversité floristique, et donc des souches fongiques associées. Mais le labour, en brassant le sol, permet également la dispersion des champignons et spores dans le sol, ce qui favorise la diversité mais peut être très risqué lors d'infections par des phytopathogènes. Dans certains cas, il peut également permettre de lutter contre des maladies fongiques, en enfouissant les résidus de cultures infectées (par exemple après un précédent de céréales à paille pour le piétin verse)
Fertilisation minérale et organique
La fertilisation, notamment organique, amène des changements dans les propriétés physico-chimiques, mais également biologiques dans le sol, entraînant des modifications dans la vie du sol.
La fertilisation peut donc dans certains cas amener ou favoriser le développement de micro-organismes pathogènes, favorisant l'infection des cultures (par inoculation de germes pathogènes, ou bien mise à place de conditions physico-chimiques favorables à leur développement). Dans d'autres cas, la fertilisation amène ou favorise des souches antagonistes aux pathogènes, dont les effets néfastes sont alors bloqués. Les recherches sur les propriétés que possèdent les différents amendements et intrants chimiques sur les différents souches pathogènes ou antagonistes sont encore en cours. Elles pourraient mener à la mise en place d'une méthode de lutte biologique spécifique à un pathogène, où la fertilisation permet d'inoculer ou favoriser le développement de souches antagonistes des pathogènes, notamment certain champignons mycorhiziens.
Au niveau du complexe mycorhizien, il a été montré qu'une forte fertilisation, et donc une grande disponibilité en éléments minéraux, défavorise l'installation de systèmes mycorhiziens.
La protection chimique des cultures
Les fongicides font partie des traitements les plus utilisés en agriculture conventionnelle. Ceux-ci sont, à l'origine, plutôt spécifiques et donc peu dangereux pour les familles de champignons saprophytes ou symbiotiques, mais le phénomène de résistance des souches de champignons pathogènes entraîne une banalisation des fongicides moins sélectifs et donc plus nuisibles aux souches non pathogènes du sol.
Irrigation
L'irrigation peut être un facteur important de diffusion de souches fongiques pathogènes, notamment lorsque l'eau d'irrigation est prélevée a proximité d'une parcelle infestée, lorsqu'elle entre en contact avec des végétaux ou du sol contaminé, et qu'elle n'est pas bien traitée. De manière générale, un milieu humide est plus favorable au développement de populations fongiques
La polyculture
La polyculture favorise la biodiversité du sol de manière générale, en offrant des niches plus nombreuses pour la plupart des organismes du sol. Pour les champignons, la diversité végétale favorise l'installation de plus d'organismes symbiotiques, favorise la concurrence entre les pathogènes, et empêche donc le développement exclusif d'une souche spécifique à un couvert unique, limitant ainsi les risques d'invasion majeur.
La rotation culturale
La rotation culturale est le meilleur moyen de se prémunir des attaques par les champignons pathogènes. La rotation permet de briser le cycle de parasitisme des pathogènes, dans l'hypothèse que les rotations soient suffisamment longues et que les cultures suivantes ne soient pas sensibles aux mêmes champignons.
Utilisation de couvert végétal, de mulch, paillage etc...
Les pratiques visant à couvrir le sol de manière générale favorisent le développement de champignons. L'humidité, la disponibilité en matières organiques, l'absence de perturbation du sol (labour) sont autant de facteurs favorables au développement de toutes sortes de champignons (saprophytes, pathogènes etc...) mais ces facteurs sont également favorables à l'installation d'une faune prédatrice des champignons pouvant agir comme auxiliaires de cultures.
Remarque :
Les activités humaines sont en grande partie responsables du transfert de souches et de spores phytopathogènes d'un milieu agricole à un autre, notamment à travers l'utilisation de machines et outils agricoles, le déplacement humain (résidus sur les bottes), les animaux, semences, matériels de transport des récoltes etc...
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Auteurs : Thomas Wibaux
Supervisions et corrections : J-F Vian, Joséphine Peigné, Eric Blanchart
Corrections : Catherine Mazzoni