Les bactéries sont généralement saprophytes, anaérobies ou facultatifs. Plus répondre à leurs besoins énergétique et en carbone elles utilisent des substances organiques facilement dégradables tels que les sucres, l'amidon, la pectine ou la cellulose. Par conséquent, ces bactéries sont hétérotrophes ou chimioorganotrophes. D'autres, sont autotrophes, elles utilisent comme ressource du carbone, bicarbonate ou du dioxyde de carbone. Certaines sont chimiolithotrophes, c'est-à-dire qu'elles obtiennent l'énergie de l'oxydation des composés minéraux tels que l'ammonium, les nitrites, le fer ou les sels. Celles qui ont besoin de lumière du soleil sont les photolitotrophes et génèrent des matières organiques par le biais de la photosynthèse. Certaines bactéries forment des spores résistantes à des conditions défavorables, rendant très difficile leur élimination.

Les bactéries présentent une population très abondante dans le sol, mais leurs activités se concentrent principalement dans les premiers centimètres du sol. Les bactéries et les champignons constituent la biomasse dominante du sol. C'est aussi une population très diverse avec une estimation de 30000 espèces présentes dans les sols.

Les bactéries hétérotrophes sont les types dominants dans le sol. La minéralisation des matières organiques produite par le métabolisme des bactéries constitue la majeur partie des flux énergétique du sol. (Bakken, 1997, Focht et Martin, 1979, Bennett et Toutain, 1979). Les bactéries sont également impliquées dans un grand nombre des processus et interactions mutualistes, symbiotiques ou antagonistes avec d'autres organismes dans le sol.

Les bactéries présentes dans le sol, et nécessitent des nutriments pour produire de l'énergie et se multiplient, la demande d'un environnement physique et chimique convenable pour vivre. Température, le pH, la pression partielle de l'oxygène et de la pression osmotique sont essentiels pour la survie des bactéries