La capacité des bactéries hétérotrophes à dégrader une variété de composés organiques est utilisée pour le traitement des sols contaminés dans les stratégies de la bioremédiation ou pour le traitement des eaux usées.

Dans le secteur agricole, certaines bactéries peuvent servir dans la lutte biologique, à la place des pesticides, pour lutter contre les parasites des plantes (ex : Bacillus thuringiensis).

Labour conventionnel laisse plus exposé à l'assèchement de la terre végétale et la temtempérature s'élève de quelques degrés vers le sol sans labour. Cette augmentation de température profite de la période des semis et la germination de la plante (au printemps), car elle se produit avant la levée des cultures, mais des températures élevées sont préjudiciables aux micro-organismes du sol, dont les populations sont en déclin en particulier dans la période estivale, en raison de hausse de la température du sol.Dans la production d'agriculture de conservation variations de température au cours de l'année ont moins de travail du sol classique, les avantages de la communauté bactérienne locual.