1.3. Des populations d'animaux domestiques gérées en troupeaux
Une population d'animaux domestiques est toujours structurée en plusieurs unités, constituant des troupeaux.
Définition : Troupeau
Troupeau : unité de gestion technique, ensemble d'individus (généralement d'une même espèce) conduits ensemble, sous la dépendance d'un groupe de personnes (une famille, une entreprise).
Très généralement, les troupeaux ne constituent pas des populations isolées, mais des échanges d'animaux reproducteurs ou de semences (insémination artificielle) sont organisés entre les troupeaux d'une même zone (attention, avec la congélation du sperme dans certaines espèces, comme chez les bovins, les échanges de gamètes peuvent se faire entre des troupeaux très éloignés géographiquement).
1.3.1. Fonctionnement d'une population d'animaux domestiques, sans organisation de schéma de sélection
Dans cette situation, les éleveurs pratiquent une sélection empirique, généralement fondée sur l'observation des individus ou sur l'observation des mères (ou des pères lorsque les paternités sont connues, ce qui n'est pas forcément très fréquent).
Des échanges sont organisés entre troupeaux, notamment par le biais de relations de voisinage ou par le biais des marchés. En lien avec ces échanges, tous les troupeaux et donc tous les individus de la population ne sont pas forcément en relation.
Sur la diapo, on distingue ainsi deux sous-populations, avec deux troupeaux échangeant des animaux au sein de ces deux sous-populations.
Cette situation est très fréquente dans beaucoup de populations locales d'animaux domestiques dans les pays les moins avancés ou en développement.
1.3.2. Fonctionnement d'une population animale domestique avec un schéma de sélection collectif
Deux types de troupeaux se distinguent dans la population :
des troupeaux qui participent au schéma de sélection en noyau ouvert (la sélection se fait sur la base d'une population d'individus, notamment femelles, qui appartiennent à des éleveurs privés) et participant à la création de progrès génétique au sein de la race,
des troupeaux de production, qui ne participent pas à la sélection, mais utilisent le progrès génétique créé dans la base de sélection en achetant des reproducteurs, notamment mâles, ou de la semence (diffusion du progrès génétique).
Exemple : les races bovines laitières dans les pays occidentaux (France, Allemagne, Hollande...)
1.3.3. Des situations mixtes, avec populations locales et populations sélectionnées
Exemple d'un Etat du Mexique, avec circulation d'animaux (reproducteurs, mais bovins mâles pour l'engraissement) entre les différents types de troupeaux. Utilisation d'animaux sélectionnés ailleurs (Holstein pour le lait, zébus type Brahmane, sélectionnés aux USA).
1.3.4. Fonctionnement démographique des populations dans les filières de monogastriques
En production porcine et en aviculture, pour la production de viande, il est souvent fait appel aux croisements entre des races ou des lignées différentes pour profiter de l'effet d'hétérosis et de la complémentarité entre populations pour lever des corrélations génétiques négatives.
L'organisation de la production dans les filières dites industrielles va jouer à la fois sur la sélection de souches ou de lignées hyper-sélectionnées et le croisement entre ces souches pour obtenir des produits terminaux tous abattus.
Etant données les caractéristiques biologiques de ces espèces (cycle court, nombreux descendant par femelles), il est possible de sélectionner efficacement des lignées à partir de l'entretien d'un nombre réduit d'individus (300 truies, 100-300 mâles / 500-2500 femelles pour une lignée en aviculture). La création de lignée peut donc se faire en noyau fermé dans une seule entreprise (privée ou groupe coopératif) (étage de sélection des grands parentaux). Ce secteur est très concentré en aviculture : aujourd'hui plus de 90 % des lignées avicoles sélectionnées dans le Monde sont détenues par 4 entreprises.
Il existe ensuite un étage de multiplication pour produire des reproducteurs croisés (étage de multiplication des parentaux. En production porcine, les éleveurs naisseurs-engraisseurs achètent ainsi des femelles et des mâles (achat systématique des animaux de renouvellement (diapo 15), pour les mettre à la reproduction et obtenir des porcs croisés qui sont tous engraissés en porcs charcutiers et abattus.
En aviculture, des éleveurs de pondeuses sont spécialisés dans la production d'œufs fécondés (pour donner naissance à des poussins, les œufs de consommation n'étant pas fécondés), à partir de l'achat des parentaux aux multiplicateurs (achat systématiquement du renouvellement des reproducteurs). Ils produisent des œufs qui sont incubés artificiellement par des accouveurs. Les accouveurs fournissent des poussins d'un jour à des éleveurs qui mènent les poulets de chair jusqu'à l'âge d'abattage (pas de reproduction chez ces éleveurs).
Dans la même façon, en élevage porcin, des éleveurs peuvent se spécialiser dans l'engraissement. Ils achètent alors des porcelets sevrés à des éleveurs dit naisseurs.
