IV - Détermination de la taille optimale des amorces
On détermine la séquence d'une amorce de n nucléotides.
Question
a - Calculez la probabilité qu'une séquence de n nucléotides pris au hasard soit identique à la séquence de l'amorce.
P = (1/4)^n
« (1/4 puissance n) »
Question
b - Étant donné la taille L et la complexité C du génome d'un organisme, calculez le nombre moyen de fois que l'on peut trouver une séquence identique à la séquence de l'amorce choisie ci-dessus dans le génome de cet organisme.
(on appelle complexité C d'un génome la longueur totale des séquences uniques (non répétées) composant ce génome; L et C sont exprimés en nombre de paires de bases).
N = 2PC = (1/4)^n.2C
Question
c - Calculez la taille minimale d'une amorce qui ne s'hybriderait qu'à une position dans les génomes suivants :
En pratique, il faut ajouter trois bases à la longueur théorique pour avoir une bonne sécurité car la valeur calculée est une valeur statistique. |  Exercice_7 |
Taille minimale de l'amorce = LOG(2C) / LOG(4) |  Exercice_7 solution |
