Dans ce cas, il est nécessaire de la contrôler durant la culture, ce qui demande :

• l'application d'un herbicide sélectif de la culture (comme le fluazifop-P-Butyl pour le contrôle de graminées dans une culture de légumineuse), méthode rapide et efficace mais qui demande la connaissance de ces herbicides et leur accès (coût et disponibilité) ;

• l'application sur les inter-rangs d'un herbicide total (avec un cache pour éviter que la culture soit touchée) dans le cas de cultures à faible densité comme le maïs, ou installées en doubles-rangs ;

• des fauches répétées de la plante de couverture. Certaines plantes comme le desmodium ou le kikuyu peuvent ainsi être gérées en couverture vive sans herbicide, par simples fauches avant semis puis régulièrement jusqu'à ce que la culture principale domine la plante de couverture. Cette méthode ne nécessite ni investissement, ni connaissance particulière et permet d'exporter partiellement la couverture pour l'alimentation animale. Elle est cependant très exigeante en travail, ce qui peut conduire à un contrôle insuffisant ou trop tardif de la couverture. Elle a aussi l'inconvénient de ne pas réduire la compétition de la couverture pour l'eau.