Développer des protocoles de diagnostic performants
L'observation de symptômes caractéristiques d'une infection par le PPV constitue une première approche encore largement utilisée pour identifier des cas de maladie, notamment pour la surveillance des vergers. L'expression des symptômes (sur les pétales de certaines variétés de pêcher, les feuilles de la plupart des espèces de Prunus et les fruits, voir les noyaux pour l'abricotier) permet ainsi d'identifier la maladie à différentes périodes au cours de la saison végétative. Cependant, l'intensité des symptômes varie fortement au cours de la saison (forte atténuation avec l'augmentation des températures estivales), la souche virale impliquée et l'espèce de Prunus. L'observation visuelle est donc insuffisante pour garantir l'état sanitaire d'un matériel végétal.
Une large gamme d'outils, de sensibilité et de spécificité variables, a ainsi été développée et est disponible pour la détection, le diagnostic et l'identification des souches de PPV. Ces outils incluent:
- l'indexage sur plantes sensibles (généralement des semis de pêcher ‘GF305'),
- les tests sérologiques généralement de type ELISA[1] (détection via des anticorps polyclonaux et monoclonaux)
- les tests moléculaires (amplification du génome viral par PCR[2] classique ou quantitative, méthode d'amplification isothermale LAMP, séquençage).
Le choix de la technique à utiliser dépend du type de matériel à tester (greffons, plants en pépinière, arbre) et des objectifs (détection seule, détection et typage et/ou caractérisation des souches virales). La convention internationale pour la protection des végétaux a publié en 2012 une série de protocoles validés pour la détection du PPV et pour l'identification des souches [lien vers NIMP27]. La caractérisation fine des isolats viraux, qui peut contribuer à tracer les filières de contamination, nécessite le recours au séquençage (partiel ou complet) du génome viral et est de plus en plus souvent pratiquée.
Galerie symptômes sharka
