Connaître la biologie et la diversité génétique des organismes à détecter
Les procédures de surveillance, d'échantillonnage et de diagnostic à mettre en œuvre pour s'assurer de l'absence d'organisme nuisible doivent reposer sur une connaissance la plus précise possible de la biologie, de la diversité, des modalités de reproduction/transmission et de dispersion de l'organisme visé ainsi que des facteurs conditionnant la dynamique épidémique en cas d'organismes pathogènes.
Ces connaissances sont essentielles pour :
surveiller les bonnes plantes hôtes (cultivées et sauvages) ou les bons milieux (pour les plantes invasives par exemple),
échantillonner (ou réaliser des campagnes de capture) à un moment où l'organisme recherché est effectivement accessible et observable en quantité suffisante (stades de développement observables et « capturables », multiplication active d'un agent pathogène, etc...),
déterminer la saison optimale pour l'observation/ la détection,
prélever les bonnes parties de la plante (par exemple, dans le cas d'agents pathogènes ou d'insectes présentant une distribution hétérogène ou restreinte dans/ sur la plante).
Les méthodes et stratégies de surveillance et d'échantillonnage à l'échelle du paysage sont développées plus spécifiquement dans la partie "mettre en place des stratégies de surveillance du territoire".
Une bonne connaissance de la diversité génétique des organismes pathogènes est aussi indispensable afin de développer des outils de détection génériques capables de détecter tous les variants d'un même organisme. En effet, les méthodes sérologiques (ELISA[1] par exemple) doivent pouvoir cibler un ou plusieurs épitopes parfaitement conservés chez tous les variants d'un même organisme nuisible. De même, les méthodes moléculaires doivent cibler une région conservée du génome de l'organisme recherché.
Une fois l'organisme nuisible détecté, il peut être intéressant d'identifier précisément le variant en cause, notamment si celui-ci présente des caractéristiques biologiques/génétiques particulières pouvant poser un risque accru sur une plante hôte donnée ou s'il présente une capacité d'invasion ou de dispersion particulièrement importante. De nombreuses méthodes, tant sérologiques (par l'utilisation d'anticorps monoclonaux) que moléculaires (amorces PCR[2] variant-spécifique, sonde spécifique, séquençage partiel, etc..) permettent une identification précise des variants.
