Une fois les systèmes en SCV bien installés, l'itinéraire technique est plus simple. Les fonctions agronomiques sont alors assurées principalement par les plantes et l'activité biologique. Ainsi, même si les critères et règles de décisions sont les mêmes dans les deux cas, l'itinéraire technique est très différent entre la (ou les) première(s) année(s) de préparation des SCV, et les années suivantes, sur des systèmes SCV bien installés :

• la structure du sol est assurée par l'activité biologique dans des systèmes installés en SCV. Par contre, un travail mécanique du sol est souvent nécessaire l'année “zéro” de préparation des SCV ;

• la préparation de la parcelle en année “zéro” doit permettre le contrôle des adventices vivaces alors qu'une fois les systèmes SCV installés, elle se limite au contrôle de la couverture végétale ;

• le contrôle des adventices annuelles en année “zéro” exige un certain nombre de mesures associant différentes pratiques (labour, paillage, semis précoce, espèces et variétés capables de couvrir rapidement le sol, forte densité de semis, utilisation d'herbicides sélectifs des cultures ou d'herbicides totaux appliqués localement et/ou arrachages, etc.) alors qu'il est assuré avant tout par la couverture végétale dans des systèmes SCV installés, et ne demande plus qu'un travail minime. Dans tous les cas, le sarclage des parcelles est à éviter autant que possible car il perturbe le sol et repositionne les graines d'adventices dans de bonnes conditions pour leur germination. Cependant, dans certaines conditions de contraintes fortes pour le contrôle des adventices en année “zéro”, le sarclage peut être la seule solution à la disposition des agriculteurs. Il doit alors être réalisé en essayant de limiter autant que possible la perturbation du sol.

• la fertilité doit être restaurée par différents moyens (fumure minérale ou organique, amendements, écobuage, “pompes biologiques”, etc.) les premières années de préparation du semis direct, alors qu'elle est simplement gérée dans des systèmes SCV bien installés (compensation des exportations par les récoltes/fourrages) ;

• une fois qu'un équilibre écologique s'est instauré et que les plantes bénéficient d'une meilleure alimentation hydrique et en éléments nutritifs dans des systèmes SCV bien installés, les mesures de contrôle des bioagresseurs (et tout particulièrement les traitements phytosanitaires) sont moins nécessaires que durant les premières années.