L'analyse et la gestion du risque phytosanitaire : Quels sont les connaissances scientifiques et les outils indispensables ?

Les dispositifs classiques d'échantillonnage

On considère deux grandes classes de méthodes d'échantillonnage : les méthodes d'échantillonnage aléatoire et les méthodes d'échantillonnage systématique. De nombreux dispositifs ont été développés, parmi lesquels on peut citer :

  • L'échantillonnage aléatoire simple : il s'agit d'un dispositif classique d'échantillonnage qui se caractérise par une probabilité égale de sélection de toutes les unités d'échantillonnage, chaque unité étant choisie indépendamment des autres. Il présente des avantages importants sur le plan statistique (estimation non biaisée) mais est souvent peu utilisé en pratique car il est souvent lourd à mettre en œuvre en conditions naturelles.

  • L'échantillonnage stratifié consiste à utiliser des sous-ensembles (ou strates) mutuellement exclusifs mais collectivement exhaustifs. Un échantillon est prélevé aléatoirement dans chaque strate et les résultats sont pondérés par la représentation de la strate dans l'échantillon total. La méthode apporte un gain de précision dans l'estimation et permet l'optimisation de l'effort d'échantillonnage.

  • L'échantillonnage adaptatif en grappe : Cette méthode est particulièrement adaptée lorsque la prévalence d'une maladie (ou le nombre d'individus) est très faible et que les cas sont fortement agrégés. Le principe consiste à augmenter l'effort d'échantillonnage dans les zones où la densité de plantes malades ou d'organisme nuisible est la plus forte. Les échantillons sont biaisés car les sites présentant des cas de maladie sont sur-représentés mais des estimateurs sans biais de la prévalence existent. En cliquant sur ce lien[1] , vous pourrez avoir un exemple de la réalisation d'un tel échantillonnage.

  • L'échantillonnage systématique est très souvent utilisé pour la surveillance de milieux naturels ou en contexte agricole. Après avoir tiré au sort une première unité d'échantillonnage, les suivantes sont positionnées selon un intervalle constant (par exemple, observation de tous les 8èmes arbres dans le rang de plantation). Les avantages pratiques sont bien connus (répartition régulière des unités d'échantillonnage sur toute la surface d'étude). Des dispositifs classiques en transect, en grille ou encore en W ou en zigzag se sont avérés performants, y compris sur les populations agrégées. Les unités d'échantillonnages n'étant pas prélevées de façon indépendante, il est nécessaire de rester vigilant vis à vis des erreurs potentiellement induites.

  1. cliquant sur ce lien
    Exemple de mise en œuvre d'un échantillonnage adaptatif en grappe pour estimer le nombre de plantes infectées (points) dans un champ constitué de 400 unités d'échantillonnages (quadrats). A : Au départ, un échantillonnage aléatoire est réalisé sur 10 quadrats (traits gras). B : Dans un second temps, quatre quadrats adjacents sont ajoutés à l'échantillon initial à chaque fois que 2 plantes ou plus sont détectées dans le quadrat sélectionné. Ainsi 48 quadrats sont finalement échantillonnés. C : zoom sur une grappe de quadrats échantillonnés selon la méthode (le quadrat en gris correspond au quadrat échantillonné initialement)

    Ojiambo, P.S., Scherm, H., 2010. Efficiency of Adaptive Cluster Sampling for Estimating Plant Disease Incidence. Phytopathology 100, 663-670.

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