Stratégie d'échantillonnage
Dans la majorité des cas, il est impossible de surveiller l'ensemble des hôtes potentiels d'un organisme nuisible. Les plans de surveillance doivent donc s'appuyer sur un plan d'échantillonnage. Une très riche bibliographie scientifique existe sur le sujet. L'objectif ici n'est donc pas de présenter toutes les méthodes d'échantillonnage ni leur base statistique mais plutôt de rappeler quelques principes essentiels.
L'intensité de l'échantillonnage
Le nombre de pièges à poser ou le nombre d'échantillons à prélever et la fréquence des observations à réaliser sont des points cruciaux de toute stratégie de surveillance. En effet, le budget étant un facteur limitant, un compromis doit être trouvé entre effort de surveillance et moyens mis en œuvre pour l'éradication ou le contrôle de la dissémination de l'organisme nuisible. Le nombre d'unités d'échantillonnage peut être défini à l'avance selon les niveaux de confiance et de détection souhaités et selon le budget que l'on veut allouer.
Attention :
Une surveillance précoce intensive nécessite un investissement important mais augmente les chances de détection lorsque l'organisme est encore potentiellement contrôlable. A l'inverse, un effort plus faible de surveillance peut permettre de disposer de plus de ressources pour les mesures d'éradication ou de contrôle mais augmente le risque d'être confronté à la présence de populations déjà trop importantes pour pouvoir lutter efficacement.
L'intensité de l'échantillonnage et la durée de la surveillance vont aussi fortement dépendre des objectifs de surveillance : une surveillance visant à détecter un organisme nuisible s'arrêtera dès sa détection. Une fois qu'un organisme est ainsi détecté, un autre programme de surveillance pourra alors être mis en œuvre pour estimer sa prévalence et sa répartition géographique. Celui-ci pourra être maintenu pendant de nombreuses années avant que les objectifs d'éradication ou de confinement soient atteints.
Exemple :
En France, la stratégie est similaire à celle mise en œuvre pour détecter la présence d'un organisme nuisible dans un lot à l'import, notamment en ce qui concerne les niveaux de détection et de confiance. Ainsi, dans le cadre d'une surveillance générale du territoire, les niveaux de détection et de confiance sont généralement fixés à respectivement 1% et à 80 ou 90%. Dans le cadre de la gestion de foyers (éradication, confinement), l'intensité de l'échantillonnage sera plus élevée avec un niveau de détection fixé à 0.5% pour un niveau de confiance de 99%. Ce niveau de surveillance implique nécessairement un effort d'échantillonnage très important (nombre important d'unités d'échantillonnage à examiner) lien vers le tableau
Prise en compte de l'hétérogénéité spatiale
De nombreux organismes nuisibles ne vont pas présenter une répartition homogène dans une zone donnée. En effet, plusieurs facteurs peuvent induire une distribution agrégée ou en tâches :
les plantes hôtes peuvent être elles-mêmes réparties de façon non homogène dans la zone à surveiller pour des raisons abiotiques (climat, altitude, sol) ou biotiques (compétition avec d‘autres espèces, prédation)
le mode et les distances de dispersion de l'organisme nuisible déterminent leur répartition spatiale. Si l'organisme nuisible se disperse sur de courtes distances, les individus auront tendance à être fortement agrégés. Des événements de dispersion liés aux activités humaines peuvent se superposer au processus naturel de dispersion de l'organisme ciblé et modifier ainsi la structure spatiale attendue. En agriculture par exemple, les pratiques culturales (plantation, taille,transport, etc..) peuvent participer à la dispersion des agents pathogènes.
Le schéma ci-dessous illustre les différentes structures spatiales possibles.
Une connaissance préalable de la structure spatiale et du degré d'agrégation permet d'optimiser la stratégie d'échantillonnage. En effet, lorsque les cas de maladie sont agrégés, l'autocorrélation entre les valeurs de la variable mesurée réduit la quantité d'information contenue dans l'échantillon de taille donnée. Il faut donc augmenter le nombre d'unités d'échantillonnage. Certains dispositifs d'échantillonnage s'avèrent plus efficaces que d'autres pour estimer la prévalence d'un organisme nuisible lorsque celui-ci est très agrégé et ses populations en très faible nombre (un exemple est développé ci-après pour l'échantillonnage adaptatif en grappe).
