« Un peu perdu lors de mon passage en dernier année, APIMET m’a permis de développer un goût et des compétences en génétique et en programmation qui ne m’ont pas quittées depuis. Par chance, ces thématiques sont en vogue à l’heure actuelle et très porteuses en terme d’emploi.

Du coup, je travaille maintenant en temps qu’ingénieur de recherche pour l’INRA. La plupart de mon temps est passé à réaliser des analyses bio-informatiques : je reçois des séquences d’ADN sortant d’un séquenceur et en extrait toute l’information nécessaire : détection de polymorphisme, analyse de l’expression des gènes, estimation de leur positionnement etc… J’utilise ensuite les informations récoltées pour répondre à mon principal sujet d’étude : le déterminisme génétique de la résistance du blé dur au virus de la Mosaïque. Sujet qui me paraît capital car il devrait permettre de sauver ma principale source d’alimentation et celle de beaucoup d’autres (étudiants ?) : les pâtes !

Mon métier m’amène à interagir avec de nombreux autres scientifiques et sélectionneurs, ainsi qu’à participer à des conférences internationales. La stimulation intellectuelle est permanente et je ne m’ennuie jamais. Ajoutez à cela une dimension de gestion de projet, des visites d’essais aux champs, des formations à donner aux professionnels et étudiants, et vous obtenez un métier passionnant !  »

« Comprendre comment les plantes interagissent avec l’environnement, s’adaptent aux contraintes climatiques (sécheresse, température, etc.) : c’est une problématique qui me passionne depuis des années. Pendant le tronc commun de SupAgro, mon projet s’est clarifié petit à petit : je voulais faire de l’écophysiologie et m’orienter vers la recherche. J’ai opté pour APIMET en faisant le pari que la génétique apporterait une plus-value à mes aspirations d’écophysiologiste. C’est effectivement un choix que je n’ai pas regretté, loin s’en faut. La génétique apporte un éclairage et des outils précieux pour explorer la diversité existante, les stratégies d’adaptation et d’évolution des plantes.

Forte de cette double vision et de nouvelles compétences, j’ai obtenu une bourse en passant le concours de l’école doctorale SIBAGHE pour commencer une thèse au sein de l’UMR LEPSE à l’INRA de Montpellier. J’ai travaillé pendant ces trois ans sur les bases physiologiques et génétiques de l’adaptation de la vigne à la sécheresse. J’ai combiné des outils de pointe en phénotypage (plateforme automatisée, imagerie pour suivre la croissance de milliers de plantes, gestion précise de l’irrigation…), des approches de génétique quantitative (détection de QTLs pour identifier les régions du génome contrôlant les caractères d’intérêt), et des expériences physiologiques sur de plus petits effectifs de plantes. Mon plus grand plaisir pendant ma thèse? Gérer mon projet de bout en bout, depuis la formulation des hypothèses, la construction des protocoles, à la décortication des résultats et l’interprétation des données en passant par les heures passionnantes à mesurer et observer les plantes, en serre comme au champ. J’ai aussi eu la chance de passer 4 mois de ma thèse en Australie et de présenter mon travail dans de nombreuses conférences internationales. J’apprécie réellement de me positionner à l’interface de plusieurs disciplines, d’interagir avec des acteurs variés et internationaux. Je suis sur le point de soutenir ma thèse. J’aspire à poursuivre dans la recherche académique en renforçant dans un premier temps mon expérience de chercheur junior à l’étranger, et pour la suite, pourquoi pas un poste de chercheur ou d’enseignant-chercheur à l’INRA ? « 

« Doctorante à l’IRD de Montpellier, UMR DIADE, équipe RICE, mon sujet porte sur le Déterminismes des résistances au virus de la panachure jaune du riz dans l’espèce africaine de riz cultivé O. glaberrima. Je fais partie de ceux qui savent depuis très longtemps qu’ils veulent faire de la recherche et mes stages me l’ont confirmé. Je n’ai donc pas réfléchi longtemps à la problématique « thèse ou pas thèse». Je suis financée par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche, via les concours de l’école doctorale GAIA. Car oui, il est possible d’avoir un financement ministériel sans un master à la fac.

Ma thèse porte sur la recherche des déterminismes génétiques de la résistance du riz, et plus particulièrement de son espèce cultivée africaine O. glaberrima, à un virus qui menace la culture en Afrique : le Rice yellow mottle virus. Cela inclut la cartographie d’un gène majeur dans un croisement entre une plante sensible et une plante résistante ainsi que la recherche des sources de résistances partielles dans une collection de 160 variétés de riz africains.

Mon quotidien se partage entre des phases de manipulations à la paillasse, d’autres en serres (parfois longues : la recherche de résistance partielle nécessite un phénotypage lourd et des phases d’analyses et de rédaction au bureau. Cette thèse m’intéresse particulièrement vis-à-vis de son côté appliqué….Après tout je reste une ingénieure ! Tous les gènes identifiés sont ensuite transmis aux partenaires africains afin qu’ils puissent les inclure dans leurs programmes de sélection et les introgresser dans des variétés locales et appréciées des agriculteurs. »

« La Société Française de Bioinformatique (SFBI) rassemble un grand nombre d’offres d’emploi en Bioinformatique, c’est ainsi que j’ai trouvé et postulé à un CDD en Bioinformatique chez HM Clause, filiale potagère du groupe Limagrain, une coopérative semencière française. En génétique, le champ de la bioinformatique est assez large, aujourd’hui presque toutes les analyses reposent dessus, particulièrement en recherche. Mon travail de consiste à assister les chercheurs dans ces analyses, car ils n’ont pas le temps ni parfois les compétences de programmation pour les effectuer. Au final, cela représente parfois une grosse partie du projet ! Concrètement, j’assemble des génomes, je chercher des polymorphismes entre plusieurs variétés, je reconstitue les haplotypes de gènes dupliqués, ou encore j’écris des programme pour transformer des fichiers. C’est à chaque fois un vrai challenge qui impose de faire de la bibliographie, étudier comment les autres ont géré un problème similaire, chercher des idées, et parfois même faire un peu de bricolage pour obtenir le résultat escompté. Dans ce domaine, tout évolue très vite: la technologie, les connaissances, les techniques, la quantité de données produites et par la même la capacité de calcul pour les traiter. Tout le travail s’effectue donc en ligne de commande sur un super-calculateur (sinon les calculs prendraient des semaines voire des mois!). Cependant, ne pas gérer un projet dans son entier me frustre un peu, c’est pourquoi je me dirige maintenant vers la thèse. »