Suite à ma césure en lien avec la génétique de la banane, j’ai intégré le cheptel d’APIMET 2010/2011.

Ensuite, tout (ou presque) a été une question d’opportunité/hasard.

J’ai fait mon stage de fin d’étude à Verneuil l’étang, charmante banlieue parisienne remplie de champs tous plats et de poteaux électriques. Logé dans la station expérimentale de Limagrain (il y a une coloc de stagiaire sur place : la « chambrée » au confort sommaire mais rigolade, jardinage, et barbec), j’ai fait de la génétique d’association sur le blé (et des balades dans les programmes de sélection). A la fin de mon stage, on m’a présenté à Biogemma (la filiale biotech/recherche amont de Limagrain) et on s’est dit qu’on allait monter une thèse CIFRE ensemble. Je n’avais jamais vraiment voulu faire une thèse avant. Mais les gens avaient l’air sympa, je pouvais participer à la définition du sujet, et puis c’était un peu comme un CDD de 3 ans. Restait à savoir quand elle démarrerait ?

Mon diplôme de petit APIMET en poche, j’ai continué en CDD à Verneuil pour quelques mois. Puis j’ai squatté la chambre sans fenêtre de la colocation d’une pote, à Bordeaux, histoire de patienter avant le début de mon thèse à Clermont-Ferrand. Glandouille, réflexion sur mon avenir et recherche de petit boulot. Puis un jour, un Limagrain de Clermont (qui avait assisté à ma soutenance d’Apimet) m’appelle et me dit qu’il a un CDD pour moi. Et qu’on s’arrangera pour qu’il dure jusqu’on à ce qu’on ait l’accord de l’ANRT pour que ma thèse démarre chez Biogemma (localisé dans le couloir d’à côté). Bingo parfait !

Leboncoin, Skype, me voilà installé à Clermont-ferrand. Le CDD se termine et j’enchaine sur la thèse : génétique quantitative sur l’efficience d’utilisation de l’azote chez le blé, CIFRE Biogemma / INRA. Pendant 3 ans à Biogemma, j’ai pu mener les recherches dans le sens que je voulais, dans une petite équipe très sympa, encadrement idéal (pas sur mon dos mais toujours dispo). Analyse phéno, GWAS, GS, R, R, R… J’étais le seul thésard et on m’a chouchouté : 6 mois au CIMMYT à Mexico, 2 fois en Californie pour le PAG, … Je me suis bien demandé à des moments quels était l’intérêt de faire cette thèse, si je voulais vraiment faire de la recherche, senti un peu seul, …blablabla snif snif mais franchement c’était le TOP (et Clermont c’est chouette en vrai). Tellement, que j’ai soutenu, pris 3 mois de vacances, et j’ai continué en CDD chez les blés de Biogemma. J’ai continué à faire du développement de méthodo de génétique quantitative  et de l’automatisation d’analyse pour mes collègues (R power).

Puis lors d’un moment d’errance sur le net, je tombe sur un poste de chercheur au CIRAD : génétique quantitative racines et tubercules pour le Vanuatu. Les compétences étaient similaires à celle acquise en thèse, et j’avais fait une partie de ma césure au Vanuatu pour le CIRAD (cf première phrase). J’avais pas une expérience de 15 post-doc et pas comme plan d’aller dans le publique (pas trop de plan tout court en fait) mais là ça me tentait bien… Je postule et bouga !!! …. Me voici maintenant de retour à Montpellier après avoir pu finir mon CDD à Clermont. Pour l’instant, je découvre les activités d’un chercheur dans le « public » (comment on trouve de l’argent ?!) et celles des gens autour de moi, je planifie mes futures activités / projets … Ici aussi, j’aurais une grande part de liberté et ça me va. Pas de Vanuatu au final pour la première expatriation, mais les opportunités et le hasard feront ce qu’il faut !

« Après mon année de spécialité APIMET, j’ai décidé de faire un stage au sein d’une entreprise privée, puisque je ne souhaitais pas poursuivre en thèse. Je me suis orientée vers l’équipe des ressources génétiques de Limagrain où j’ai choisi de travailler sur la diversité des populations de pays de maïs : comment sont-elles structurées, et comment les intégrer dans les schémas de sélection actuels.

Le stage s’est ensuite prolongé par un CDD de 4 mois me permettant de finaliser mon projet et de délivrer un rapport utilisable pour les sélectionneurs. Au cours de ce contrat, j’ai donc eu l’opportunité de travailler au sein d’une équipe de sélection, ce qui m’a permis d’interagir avec de nombreuses équipes : Bio statistiques (QTL, association…), Laboratoire de marquage et différentes équipes de sélection européennes. A l’issue de mon CDD, l’équipe RH m’a orienté sur un poste d’assistant sélectionneur maïs.

Le programme de sélection dont je m’occupe a pour particularité d’améliorer l’aptitude à la transformation industrielle du maïs, c’est-à-dire d’accroitre la qualité technologique du grain contrairement aux programmes plus classiques, qui se concentrent sur une amélioration de l’index rendement/humidité. Ce programme vous permettra peut-être un jour de manger des cornflakes 100% européens (et non fabriqués à base de maïs en provenance d’Amérique latine) !

Pour les adeptes de l’apéro, je suis sûre qu’avec un petit verre vous appréciez aussi les chips triangulaires à tremper dans le guacamole qui devinez quoi, sont à base de maïs…

De plus chaque année je dois faire un grand « sacrifice » : aller récolter ma pépinière au Mexique ou au Pérou !!!

La formation APIMET nous donne des bases très solides en génétique et statistiques, indispensables dans les métiers de la sélection. On y apprend aussi à travailler en équipe et à s’organiser pour mener à bien différents projets. Les débouchés sont variés et intéressants, vous ne regretterez pas d’avoir choisi cette spé ! »

 

« Un peu perdu lors de mon passage en dernier année, APIMET m’a permis de développer un goût et des compétences en génétique et en programmation qui ne m’ont pas quittées depuis. Par chance, ces thématiques sont en vogue à l’heure actuelle et très porteuses en terme d’emploi.

Du coup, je travaille maintenant en temps qu’ingénieur de recherche pour l’INRA. La plupart de mon temps est passé à réaliser des analyses bio-informatiques : je reçois des séquences d’ADN sortant d’un séquenceur et en extrait toute l’information nécessaire : détection de polymorphisme, analyse de l’expression des gènes, estimation de leur positionnement etc… J’utilise ensuite les informations récoltées pour répondre à mon principal sujet d’étude : le déterminisme génétique de la résistance du blé dur au virus de la Mosaïque. Sujet qui me paraît capital car il devrait permettre de sauver ma principale source d’alimentation et celle de beaucoup d’autres (étudiants ?) : les pâtes !

Mon métier m’amène à interagir avec de nombreux autres scientifiques et sélectionneurs, ainsi qu’à participer à des conférences internationales. La stimulation intellectuelle est permanente et je ne m’ennuie jamais. Ajoutez à cela une dimension de gestion de projet, des visites d’essais aux champs, des formations à donner aux professionnels et étudiants, et vous obtenez un métier passionnant !  »

« Comprendre comment les plantes interagissent avec l’environnement, s’adaptent aux contraintes climatiques (sécheresse, température, etc.) : c’est une problématique qui me passionne depuis des années. Pendant le tronc commun de SupAgro, mon projet s’est clarifié petit à petit : je voulais faire de l’écophysiologie et m’orienter vers la recherche. J’ai opté pour APIMET en faisant le pari que la génétique apporterait une plus-value à mes aspirations d’écophysiologiste. C’est effectivement un choix que je n’ai pas regretté, loin s’en faut. La génétique apporte un éclairage et des outils précieux pour explorer la diversité existante, les stratégies d’adaptation et d’évolution des plantes.

Forte de cette double vision et de nouvelles compétences, j’ai obtenu une bourse en passant le concours de l’école doctorale SIBAGHE pour commencer une thèse au sein de l’UMR LEPSE à l’INRA de Montpellier. J’ai travaillé pendant ces trois ans sur les bases physiologiques et génétiques de l’adaptation de la vigne à la sécheresse. J’ai combiné des outils de pointe en phénotypage (plateforme automatisée, imagerie pour suivre la croissance de milliers de plantes, gestion précise de l’irrigation…), des approches de génétique quantitative (détection de QTLs pour identifier les régions du génome contrôlant les caractères d’intérêt), et des expériences physiologiques sur de plus petits effectifs de plantes. Mon plus grand plaisir pendant ma thèse? Gérer mon projet de bout en bout, depuis la formulation des hypothèses, la construction des protocoles, à la décortication des résultats et l’interprétation des données en passant par les heures passionnantes à mesurer et observer les plantes, en serre comme au champ. J’ai aussi eu la chance de passer 4 mois de ma thèse en Australie et de présenter mon travail dans de nombreuses conférences internationales. J’apprécie réellement de me positionner à l’interface de plusieurs disciplines, d’interagir avec des acteurs variés et internationaux. Je suis sur le point de soutenir ma thèse. J’aspire à poursuivre dans la recherche académique en renforçant dans un premier temps mon expérience de chercheur junior à l’étranger, et pour la suite, pourquoi pas un poste de chercheur ou d’enseignant-chercheur à l’INRA ? « 

« Doctorante à l’IRD de Montpellier, UMR DIADE, équipe RICE, mon sujet porte sur le Déterminismes des résistances au virus de la panachure jaune du riz dans l’espèce africaine de riz cultivé O. glaberrima. Je fais partie de ceux qui savent depuis très longtemps qu’ils veulent faire de la recherche et mes stages me l’ont confirmé. Je n’ai donc pas réfléchi longtemps à la problématique « thèse ou pas thèse». Je suis financée par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et la Recherche, via les concours de l’école doctorale GAIA. Car oui, il est possible d’avoir un financement ministériel sans un master à la fac.

Ma thèse porte sur la recherche des déterminismes génétiques de la résistance du riz, et plus particulièrement de son espèce cultivée africaine O. glaberrima, à un virus qui menace la culture en Afrique : le Rice yellow mottle virus. Cela inclut la cartographie d’un gène majeur dans un croisement entre une plante sensible et une plante résistante ainsi que la recherche des sources de résistances partielles dans une collection de 160 variétés de riz africains.

Mon quotidien se partage entre des phases de manipulations à la paillasse, d’autres en serres (parfois longues : la recherche de résistance partielle nécessite un phénotypage lourd et des phases d’analyses et de rédaction au bureau. Cette thèse m’intéresse particulièrement vis-à-vis de son côté appliqué….Après tout je reste une ingénieure ! Tous les gènes identifiés sont ensuite transmis aux partenaires africains afin qu’ils puissent les inclure dans leurs programmes de sélection et les introgresser dans des variétés locales et appréciées des agriculteurs. »

« La Société Française de Bioinformatique (SFBI) rassemble un grand nombre d’offres d’emploi en Bioinformatique, c’est ainsi que j’ai trouvé et postulé à un CDD en Bioinformatique chez HM Clause, filiale potagère du groupe Limagrain, une coopérative semencière française. En génétique, le champ de la bioinformatique est assez large, aujourd’hui presque toutes les analyses reposent dessus, particulièrement en recherche. Mon travail de consiste à assister les chercheurs dans ces analyses, car ils n’ont pas le temps ni parfois les compétences de programmation pour les effectuer. Au final, cela représente parfois une grosse partie du projet ! Concrètement, j’assemble des génomes, je chercher des polymorphismes entre plusieurs variétés, je reconstitue les haplotypes de gènes dupliqués, ou encore j’écris des programme pour transformer des fichiers. C’est à chaque fois un vrai challenge qui impose de faire de la bibliographie, étudier comment les autres ont géré un problème similaire, chercher des idées, et parfois même faire un peu de bricolage pour obtenir le résultat escompté. Dans ce domaine, tout évolue très vite: la technologie, les connaissances, les techniques, la quantité de données produites et par la même la capacité de calcul pour les traiter. Tout le travail s’effectue donc en ligne de commande sur un super-calculateur (sinon les calculs prendraient des semaines voire des mois!). Cependant, ne pas gérer un projet dans son entier me frustre un peu, c’est pourquoi je me dirige maintenant vers la thèse. »